Metafysik behandlar det verklighetsområde som ligger bortom den fysiska världen, som inte kan uppfattas med sinnena men vars existens accepteras. I den islamiska tanken omfattar metafysik ämnen som Guds existens, själen, det hinsidiga, änglar, djinnar, ödet och det osynliga. Denna kategori syftar till att undersöka hur metafysiska begrepp behandlas, både inom ramen för de islamiska trosbekännelserna och ur ett filosofiskt perspektiv.

Koranen hyllar dem som tror på det osynliga och betraktar tron på metafysiska element som en grundläggande förutsättning för att vara en troende. Metafysik är inte bara en fråga om kunskap, utan också en fråga om tro. Denna kategori syftar till att förklara ämnen som själens natur, livet efter döden, existensen av änglar och djinnar, baserat på både islamiska källor och åsikterna hos klassiska islamiska filosofer (Farabi, Ibn Sina, Ghazali etc.).

Metafysik ger människan möjlighet att djupgående undersöka syftet med skapelsen, sin plats i universum och meningen med livet. I detta avseende ger det en intellektuell och andlig djup.