Metafysikk behandler det skjulte, det som ligger utover den fysiske verden, en realitet som ikke kan oppfattes med sansene, men hvis eksistens erkjennes. I islamsk tenkning omfatter metafysikk emner som Allahs eksistens, sjelen, hinsidan, engler, djevler, skjebne og det skjulte, det usynlige. Denne kategorien har som mål å undersøke hvordan metafysiske konsepter behandles, både innenfor rammen av islamske troslære og fra et filosofisk perspektiv.

Koranen roser dem som tror på det skjulte og betrakter troen på metafysiske elementer som en av de grunnleggende betingelser for å være en troende. Metafysikk er ikke bare kunnskap, men også en sak av tro. Denne kategorien har som mål å forklare emner som sjelenes natur, livet etter døden, eksistensen av engler og djevler, basert på både islamske kilder og synspunktene til klassiske islamske filosofer (Farabi, Ibn Sina, Ghazali osv.).

Metafysikk gir mennesket mulighet til å stille dype spørsmål om hensikten med skapelsen, sin plass i universet og meningen med livet. I denne henseende gir det både en intellektuell og en åndelig dybde.