Metafysik omhandler sviðið veruleika sem liggur handan hinnar efnislegu heims, sem ekki er hægt að skynja með skynfærunum en sem er viðurkennt sem til. Í íslamskri hugsun felur metafysik í sér málefni sem tengjast hinum ósýnilega heimi, svo sem tilvist Allah, sálina, lífið eftir dauðann, engla, djöfla, örlög og hið hulda. Þessi flokkur miðar að því að skoða hvernig metafysisk hugtök eru tekin fyrir, bæði í ramma íslamskrar trúar og frá heimspekilegu sjónarhorni.

Kóraninn lofar þá sem trúa á hið hulda og telur trú á metafysiska þætti vera eitt af grundvallarskilyrðum þess að vera trúaður. Metafysik er ekki bara spurning um þekkingu, heldur líka spurning um trú. Þessi flokkur miðar að því að útskýra málefni eins og eðli sálarinnar, lífið eftir dauðann, tilvist engla og djöfla, með hliðsjón af bæði íslamskum heimildum og skoðunum klassískra íslamskra heimspekinga (Al-Farabi, Avicenna, Al-Ghazali o.s.frv.).

Metafysik gerir manninum kleift að velta djúpt fyrir sér tilgangi sköpunar sinnar, stað sínum í alheiminum og merkingu lífsins. Í þessu tilliti veitir hún bæði vitsmunalega og andlega dýpt.