Η μεταφυσική πραγματεύεται τον τομέα της πραγματικότητας που βρίσκεται πέρα από τον φυσικό κόσμο, που δεν γίνεται αντιληπτός με τις αισθήσεις, αλλά η ύπαρξή του γίνεται αποδεκτή. Στην ισλαμική σκέψη, η μεταφυσική περιλαμβάνει θέματα που αφορούν τον αόρατο κόσμο, όπως η ύπαρξη του Θεού, η ψυχή, η μετά θάνατον ζωή, οι άγγελοι, τα τζίν, η μοίρα και το άγνωστο. Αυτή η κατηγορία στοχεύει να εξετάσει πώς αντιμετωπίζονται οι μεταφυσικές έννοιες τόσο στο πλαίσιο της ισλαμικής πίστης όσο και από φιλοσοφική άποψη.

Το Κοράνι επαινεί όσους πιστεύουν στο άγνωστο και θεωρεί την πίστη σε μεταφυσικά στοιχεία ως μία από τις θεμελιώδεις προϋποθέσεις για να είναι κανείς πιστός. Η μεταφυσική δεν είναι μόνο ζήτημα γνώσης, αλλά και πίστης. Αυτή η κατηγορία στοχεύει να εξηγήσει θέματα όπως η φύση της ψυχής, η ζωή μετά θάνατον, η ύπαρξη αγγέλων και τζίν, με βάση τόσο τις ισλαμικές πηγές όσο και τις απόψεις των κλασικών Ισλαμιστών φιλοσόφων (Αλ-Φαράμπι, Ιμπν Σίνα, Αλ-Γκαζαλί κ.λπ.).

Η μεταφυσική επιτρέπει στον άνθρωπο να αμφισβητήσει σε βάθος τον σκοπό της δημιουργίας του, τη θέση του στο σύμπαν και το νόημα της ζωής. Από αυτή την άποψη, προσδίδει τόσο διανοητικό όσο και πνευματικό βάθος.