متافیزیک به حوزه واقعیت فراتر از جهان فیزیکی می‌پردازد، حوزه‌ای که با حواس قابل درک نیست اما وجود آن مورد قبول است. در اندیشه اسلامی، متافیزیک شامل موضوعاتی مربوط به عالم غیب مانند وجود خداوند، روح، آخرت، فرشتگان، جن، قضا و قدر است. این بخش با هدف بررسی چگونگی برخورد با مفاهیم متافیزیکی، هم در چارچوب عقاید اسلامی و هم از منظر فلسفی، تدوین شده است.

قرآن کریم کسانی را که به غیب ایمان دارند ستایش می‌کند و ایمان به عناصر متافیزیکی را از شروط اساسی مؤمن بودن می‌داند. متافیزیک نه فقط دانش، بلکه موضوع ایمان نیز هست. این بخش در نظر دارد تا موضوعاتی مانند ماهیت روح، زندگی پس از مرگ، وجود فرشتگان و جن را بر اساس منابع اسلامی و دیدگاه‌های فلاسفه کلاسیک اسلامی (فارابی، ابن سینا، غزالی و غیره) تبیین کند.

متافیزیک به انسان این امکان را می‌دهد تا به طور عمیق در مورد هدف خلقت، جایگاه خود در جهان و معنای زندگی تأمل کند. از این جنبه، هم عمق عقلانی و هم عمق معنوی به ارمغان می‌آورد.