Metafysik beskæftiger sig med det område af virkeligheden, der ligger ud over den fysiske verden, som ikke kan opfattes med sanserne, men hvis eksistens accepteres. I den islamiske tanke omfatter metafysik emner som Gud, sjælen, det hinsidige, engle, djævle, skæbne og det skjulte, det usynlige univers. Denne kategori har til formål at undersøge, hvordan metafysiske begreber behandles, både inden for rammerne af de islamiske trosbekendelser og fra et filosofisk perspektiv.

Koranen roser dem, der tror på det skjulte, og betragter troen på metafysiske elementer som en af de grundlæggende betingelser for at være en troende. Metafysik er ikke kun en sag om viden, men også en sag om tro. Denne kategori har til formål at forklare emner som sjælens natur, livet efter døden, eksistensen af engle og djævle, baseret på både islamiske kilder og synspunkter fra klassiske islamiske filosoffer (Farabi, Ibn Sina, Ghazali osv.).

Metafysik giver mennesket mulighed for at stille dybe spørgsmål om formålet med skabelsen, dets plads i universet og meningen med livet. I denne henseende giver det både en intellektuel og en spirituel dybde.